L'ISDR de M'Baïki a été créé en 1970 dans le cadre de la « Fondation pour l'Enseignement Supérieur en Afrique Centrale » (FESAC). Il a d'abord été connu sous le nom d'Institut Universitaire de Technologie Agronomique (IUTA) avant de devenir l'IUTAF, intégrant également la formation des forestiers.